巴氏腺囊肿通常不会自愈。
巴氏腺囊肿又称前庭大腺囊肿，其是由于前庭大腺腺管开口部阻塞，分泌物积聚于腺腔而形成。常见的引起前庭大腺管开口阻塞的原因有慢性炎症、先天性腺管狭窄、损伤等。一般来讲，虽然女性在患病后囊肿有时可能会自行缩小，但是无法完全消退。
巴氏腺囊肿的患者如果没有症状，通常无需特殊治疗，定期随诊观察即可。但如果囊肿的体积逐渐增大，出现明显的不适症状，或者是囊肿反复发作，或者是囊肿有感染征象，对日常生活、性生活等造成不良影响，患者应及时到正规医院妇科就医，医生会根据具体的病情，给予个体化的治疗方案，包括药物治疗（比如阿莫西林胶囊、甲硝唑片）、手术治疗（比如囊肿造口术、腺体切除术等），以获得较为满意的治疗效果。