自然流产不干净吃药好还是清宫好，通常需要根据病情进行判断。若宫腔内残留物较少者，可以遵医嘱使用药物治疗；若宫腔内残留物较多或大量出血者，则需要尽快进行清宫术治疗。
1、药物治疗：如果B超提示宫腔内残留物较少，且流血量不多、腹痛不剧烈者，可以遵医嘱使用服用新生化颗粒、益母草胶囊等药物进行治疗，并定期复查B超，从而判断残留物是否排出体外。对于药物治疗效果不佳者，仍需要进行清宫手术。
2、手术治疗：如果B超提示宫腔内残留物较多，多伴有流血量较多、腹痛严重等症状。这类患者，应及时进行清宫手术，尽快清除宫腔内的残留组织，以免引起感染，或出现大出血，甚至可能引起休克等危重情况发生。
在自然流产后，如果出现阴道持续流血超过2周或流血较多，并伴有间断或持续腹痛症状者，多提示自然流产不全，应及时到妇科就诊，完善B超检查，根据宫腔内残留的妊娠组织多少，确定治疗方案。
患者不能因惧怕清宫手术、或听信偏方等原因而不进行正规治疗，以免引起严重不良后果。此外，自然流产的患者，在再次备孕前，应做好孕前检查，尽量避免再次流产的发生，以减少对身体的损伤。