氟康唑和伊曲康唑都属于抗真菌药，相比较之下，伊曲康唑的抗真菌谱范围更广，效果更好一些。
1、伊曲康唑：具有广谱的抗菌活性，对多种曲霉菌属、皮炎芽生菌、白色念珠菌、粗球孢子菌、新型隐球菌、表皮真菌等都有一定的效果。在临床中，伊曲康唑可以用于妇科的真菌感染，也可以用于皮肤科以及眼科的真菌感染，还可以用于系统性的真菌感染，比如系统性的曲霉病、隐球菌病等。
2、氟康唑：对新型隐球菌、假丝酵母菌、黄曲菌、烟曲菌、皮肤芽生菌、粗球孢子菌、荚膜组织胞浆菌等均有抗菌作用，目前常用于治疗口咽部和食道念珠菌感染；播散性念珠菌病，包括腹膜炎、肺炎、尿路感染等；球孢子菌病；念珠菌外阴阴道炎等。氟康唑可以口服或静脉注射，主要用于治疗深部真菌感染。
相比较而言，伊曲康唑脂溶性比氟康唑强，在皮肤和指甲中可以维持很高的血药浓度，对皮肤真菌病、甲癣的治疗效果优于氟康唑。且伊曲康唑的抗菌谱更广，不仅能覆盖白色念珠菌、光滑念珠菌、新生隐球菌、组织胞浆菌等，对曲霉菌也有效。而氟康唑一般不用于治疗皮肤真菌病，对曲霉菌感染也没有效果。
不论是氟康唑还是伊曲康唑，都应在专业医生的指导下使用，建议患者遵医嘱用药，不可擅自更换药物或停止用药。