孕妇沙眼衣原体阳性是否严重不能一概而论，应视具体情况而定。
1、不严重的情况：孕妇感染沙眼衣原体后大多无症状，或者症状比较轻微，通过遵医嘱口服阿奇霉素片或阿莫西林胶囊是能够治愈的。由于沙眼衣原体可通过产道或出生后感染新生儿，引起新生儿肺炎和眼炎，通过遵医嘱及时使用阿奇霉素混悬液、红霉素眼膏或四环素眼膏进行治疗，能够对新生儿肺炎和眼炎起到一定的预防作用。因此，在这种情况下，沙眼衣原体阳性可能是不严重的。
2、严重的情况：有研究发现，孕妇宫颈感染沙眼衣原体可上行感染至胎膜、胎盘及羊水，引起绒毛膜羊膜炎，使胎盘供给胎儿的氧气与营养物质输送障碍，影响胎儿发育，甚至导致胚胎停止发育、死胎。另外，孕妇感染沙眼衣原体，发生胎儿窘迫、新生儿窒息、围生儿死亡率均升高。因此，在这种情况下，沙眼衣原体阳性是比较严重的。
如果孕期发现沙眼衣原体阳性，建议孕妇在医生的指导下及时采取有效的治疗措施，以减少妊娠期并发症的发生风险，另外，性伴侣应同时治疗。