男人染色体异常的原因多种多样，可能与遗传因素、化学因素、物理因素、母亲妊娠年龄等因素有关。
1、遗传因素：男人染色体异常多具有遗传性，如果父母染色体异常，则他们的孩子发生染色体异常的概率会明显增大。
2、化学因素：某些化学物质，如化学药品、农药、毒物、抗肿瘤药物（如环磷酰胺、氨芥、氨甲蝶呤、阿糖胞苷）等，均可引起人类染色体畸变，进而导致男人染色体异常。
3、物理因素：如果在日常生活中，经常接触到各种各样的放射性物质，如放射性物质爆炸后散落的放射性尘埃、医疗上所用的放射线、工业放射性物质的污染等，则可能会引起染色体异常改变。
4、母亲妊娠年龄：一般认为，生殖细胞在母体内停留时间越长，受到各种因素影响的机会越多，则在以后的减数分裂过程中，更容易产生染色体不分离而导致染色体数目异常的情况。因此，当母亲妊娠年龄较大时，所生孩子的体细胞中某一序号染色体有三条的情况要多于一般人群，比如妊娠年龄超过35岁，生育唐氏综合征患儿的危险性会更高。
需要提醒的是，男人染色体异常尚无有效的治疗方法，因此，应注意加以预防，避免长期接触放射性物质或有害化学物质，避免高龄妊娠，做好产前诊断及新生儿筛查，可有效减少男人染色体异常的发生和进展。