男性染色体异常是男性可能患上的一系列遗传性疾病的统称，主要包括克氏综合征、(47,XYY)综合征及Y染色体微缺失等。
由于遗传过程中出现的非正常状况，或是毒性物质、放射性物质等物质的影响，男性的染色体数目及结构会出现异常，表现为小阴茎、小睾丸等生殖系统发育异常表现，不长胡须、不长喉结、乳房发育等第二性征异常，以及严重少精子症、无精子症等疾病。更严重的是，男性染色体异常者患上糖尿病、代谢综合征、精神分裂症、骨质疏松症、恶性肿瘤、静脉血栓栓塞、性功能障碍等疾病的几率较正常人更高。
出现上述症状时，应前往正规医院男科、遗传科或生殖医学科等科室就诊，接受染色体检查，医生会从受检者的骨髓或外周血标本中，观察出是否存在染色体异常。明确诊断后，患者应接受针对性治疗，如雄激素替代治疗、睾丸取精术治疗以及人工授精技术。