治疗非淋菌性尿道炎时，患者要在医生指导下，吃对衣原体、支原体等病原体有效的药物，如四环素类药物、大环内酯类药物及喹诺酮类药物。
非淋菌性尿道炎是指沙眼衣原体、生殖道支原体、解脲支原体等病原体感染引起的急性尿道炎。因此，出现尿频、尿急、尿痛、尿不尽、分泌物增多等症状后，患者应及时前往正规医院男科、泌尿外科、妇科等科室就诊，医生会通过尿道分泌物涂片检查、初段尿常规检查、病原体检测等检查明确诊断。
明确致病菌后，医生会给予合适的治疗药物，主要包括四环素类药物（如多西环素、米诺环素等）、大环内酯类药物（如阿奇霉素、克拉霉素等）及喹诺酮类药物（如左氧氟沙星、环丙沙星等）。
需要注意的是，非淋菌性尿道炎是性传播疾病，会通过无保护的阴道性交、男-男肛交等途径传播。如果有性生活，性伴侣应一同接受相应的检查；如果性伴侣也被感染，就要一同接受治疗。