肾阴阳两虚的治疗原则为阴阳双补，患者可在医生的指导下使用具有补肾阴、补肾阳等功效的中药治疗，还可应用针灸、食疗等方式来辅助治疗。
1、药物治疗：临床上可以用一些既补肾阴又补肾阳的方药，比如龟鹿二仙胶、补天大造丸等。需要注意的是，由于患者阴与阳亏虚的情况往往不一样，在治疗肾阴阳两虚时，医生更多地时候会根据患者阴阳的盛衰，将养肾阴的药物和温肾阳的药物进行综合应用。
2、针灸治疗：针法是由医生将针具刺入人体一定的穴位，并运用一定的手法对穴位进行刺激，以达到调和阴阳的目的。灸法是由医生用灸炷或灸草在人体一定的穴位上烧灼、熏熨，以达到温通经脉、调和气血的目的。因此，用毫针针刺或艾灸熏蒸相关穴位，比如肾俞、关元、三阴交等，也可改善肾阴阳两虚。但需注意，针灸要由专业的中医师进行操作。
3、食疗：医生可根据药食同源的原理，通过食疗来改善患者肾阴阳两虚的状态。比如桂黄浆粥，将肉桂、熟地黄水煎取浓汁，分两份与粳米煮粥，待沸后，加入韭菜汁或洗净切细的鲜韭菜、调入精盐，煮至米熟。
4、其他疗法：部分患者还可考虑通过推拿按摩、刮痧等方式进行辅助治疗。
值得强调的是，肾阴阳两虚的治疗是一个长期的过程，不是一朝一夕就能治好的，因此患者一定要坚持治疗，以获得比较好的治疗效果。