手术治疗早泄在临床上有较大争议，不推荐作为治疗早泄的主要方法。
用于治疗早泄的手术，主要为阴茎背神经阻断术。阴茎龟头受到足够多的性刺激，产生神经冲动经由背神经上传至中枢，经中枢整合处理后产生射精冲动，再逐级向下传递到背神经，最终发生射精。所以阻断部分背神经，就能减少受到的性刺激，继而延迟射精冲动的产生，治疗早泄。
但是，背神经阻断术属于有创性操作，会对神经造成不可逆的损伤，且没有统一的手术术式和操作标准，疗效及安全性也没有足够的研究数据证实，国外研究认为其治疗早泄的有效率不足50%。而且，临床上有患者术后出现了阴茎麻木、勃起功能障碍等严重并发症，国际性医学会明确指出：阴茎背神经切除或可导致性功能永久性丧失。所以不推荐用于早泄治疗。
临床上治疗早泄以口服药物治疗为主，外用药和心理治疗为辅，采取多种方式配合的综合治疗，以达到较好的疗效。如果上述治疗均未取得满意效果，在与医生充分沟通，评估病情后，可以酌情进行手术治疗，但只有极少数医院可以进行这类手术，患者要慎重选择，一定要到正规医疗机构进行手术。