睾丸活检会有一定的疼痛感，所以通常在麻醉状态下进行。睾丸活检的方法包括穿刺活检、手术切开和显微镜下活检，不同操作方法采取的麻醉方法也不同。
1、穿刺活检：医生会先固定睾丸，绷紧阴囊皮肤，在血管少的皮肤区域逐层注射麻醉药物，进行局部浸润麻醉。麻醉完成后再使用穿刺针依次穿过皮肤、皮下组织、白膜等，然后吸取少量睾丸组织进行活检。这种方法损伤小，疼痛轻，术后一两天内，可能因为局部肿胀会产生轻度疼痛，但绝大多数患者都可以耐受。
2、切开活检：医生会向精索注射适量麻醉药物，进行较大范围的局部麻醉。麻醉完成后在睾丸外侧做横行切口，再逐层切开至显露白膜，然后避开白膜血管，切开白膜，在直视下切取从白膜切口处膨出的睾丸组织。这种方法损伤范围较大，且切除组织时会损伤睾丸血管，所以疼痛较明显，术后恢复时间更长。
3、显微镜下活检：同样需要切开白膜，暴露睾丸组织，然后在显微镜下寻找发育良好的曲细精管，收集精子。这种方法需要2~3小时甚至更久的手术时间，所以需要全麻。由于显微镜下操作精细，可以避免对睾丸血管、间质组织的损伤，所以疼痛较直接切开活检轻。但患者需要住院，术后需要一周左右愈合。
总的来说，睾丸活检会有一定的疼痛，除了检查方法不同造成的疼痛程度不一外，患者的个人体质、对麻醉药物的耐受程度、医生操作水准等因素也会影响患者的个人感受。大多数情况下，疼痛都在患者的耐受范围内，患者不必过于担忧，配合医生操作，术后遵医嘱护理即可。