尿道上裂和尿道下裂均属于尿道先天畸形，两者的区别主要为尿道开口不同、发病情况不同、临床症状不同、合并症和并发症不同等。
1、尿道开口不同：男性尿道上裂患者尿道外口位于阴茎背侧，女性尿道上裂患者尿道外口位于阴蒂和阴唇之间；而尿道下裂患者尿道外口可能位于阴茎腹侧，也可能位于阴茎阴囊交界部，甚至位于会阴部。
2、发病情况不同：尿道上裂比较罕见，男女均可发生；而尿道下裂相对常见，只发生于男性。
3、临床症状不同：男性尿道上裂患者可有阴茎短小、阴茎背屈、性交障碍、勃起后疼痛、尿失禁等症状；女性尿道上裂患者可有阴蒂分叉、阴阜外形压低、阴毛缺失、小阴唇发育不良、尿失禁等症状。而尿道下裂患者主要表现为排尿异常（不能站立排尿，被迫蹲位排尿）、阴茎下弯、包皮分布异常等。
4、合并症和并发症不同：尿道上裂可能合并膀胱外翻、下腹壁缺失、耻骨联合分离等发育异常，可导致泌尿系感染，出现尿频、尿急、尿痛等症状。而尿道下裂则通常合并阴茎畸形，一般不会导致泌尿系感染。
需要注意的是，无论是尿道上裂还是尿道下裂，均可影响阴茎发育和正常排尿，甚至影响生育，建议患者及时前往医院泌尿外科或小儿科就诊，通过体格检查、泌尿系超声、尿流动力学检查等明确诊断，并及早进行手术治疗，以重建尿道、矫正外生殖器和尿道畸形。