阴茎短的原因主要与遗传因素、营养因素、内分泌因素、染色体异常、肥胖等因素有关。
1、遗传因素：阴茎的发育与遗传因素有关，所以，阴茎的长度存在个体差异，如果父亲或兄弟的阴茎短，则个人发生阴茎短的风险会增高。
2、营养因素：阴茎的发育需要营养支持，如果男性在青春期发育阶段，不注意营养摄入，人体缺乏足够的营养（蛋白质），则发生阴茎短的风险会增高。
3、内分泌因素：下丘脑分泌的促性腺激素释放激素异常、脑垂体分泌的促性腺激素异常，均可导致阴茎短。
4、染色体异常：比如克氏综合征，该病患者会伴有小睾丸、第二性征发育异常，从而出现阴茎短。
5、肥胖：青春发育期之前就一直肥胖的患者，有可能会影响到阴茎发育，从而导致阴茎短。对于重度腹型肥胖的成年人来讲，俯视自己的阴茎会变得特别困难，则更容易觉得自己阴茎短。
6、其他：除上述原因外，还有部分患者的下丘脑-垂体-睾丸轴激素分泌正常，但有阴茎短，到了青春期又多能增长。此种情况的病因不清楚，推测可能与胚胎后期促性腺激素刺激延迟、一过性睾酮分泌下降等原因有关。
需要注意的是，阴茎的测量要从阴茎根部量到阴茎头，而不是仅看阴茎暴露在外面的长度，因此，对于怀疑自己阴茎短的男性，需在医生的指导下进行正确测量，避免盲目的比较、自卑。