男性会阴疼是否会自愈，主要与其原因有关。
1、可能自愈的情况：由于慢性前列腺炎、慢性膀胱炎、前列腺增生等原因导致的会阴疼痛，经过改变生活方式，会阴疼痛的症状可能会逐渐自行消失，进而达到症状自愈的目的。但由于根本病因可能并未去除，若不注意预防，会阴疼痛的症状也会再次出现，因此，在日常生活中，应注意戒烟戒酒，避免辛辣刺激性食物，避免憋尿或久坐，保持规律的性生活等，以免疾病复发。
2、不会自愈的情况：大多数患者的会阴疼痛，可能是由于急性前列腺炎、急性膀胱炎、嵌顿性内痔、血栓性外痔、肛裂、直肠炎、肛瘘、肛周脓肿、前列腺癌、直肠癌等疾病导致的，通常不会自愈。这类患者应及时到医院就诊，针对原发病进行治疗，才能使会阴疼痛的症状消除。
综上所述，导致男性会阴疼痛的原因多种多样，建议患者及时到医院男科、泌尿外科或肛肠外科等科室就诊，由专业医生查明病因，并在医生指导下进行相应的治疗。