两性畸形的病因，按照葛氏协和性发育异常分类法可分成三类，分别是性染色体异常、性腺异常，以及性激素和性激素的功能异常。
1、性染色体异常：性染色体，即X和Y决定了男性和女性，如果患者在出生时染色体有异常，如Y染色体缺失、X染色体增加、其他决定性别的染色体异常等，都会导致两性畸形。
2、性腺异常：和性腺发育相关的基因异常以及其他一些外界因素，会引起胚胎发育异常，进而导致性腺异常。如46XY的患者，睾丸没有发育，会导致雄激素缺乏，进而造成两性畸形。
3、性激素和性激素的功能异常：包括性激素合成过程中的各种酶的异常，如21-羟化酶缺乏、17-羟化酶缺乏等，还包括可以分泌雄激素的肿瘤、雄激素受体的功能异常等。
综上所述，两性畸形可由多种因素引起，很难进行预防。建议孕妇定期前往医院进行产前检查，以及时发现、处理自身及胎儿的异常情况。