原发性闭经的主要原因包括营养因素、下生殖道异常、卵巢异常和中枢异常。
1、营养因素：过胖、过瘦都会导致体内激素分泌异常，尤其是在青春期激素本就波动较大的情况下，可能会导致月经初潮时间延迟，进而造成原发性闭经。这种情况比较容易纠正，通过调节饮食和生活方式，必要时服用激素制剂，能够促进月经到来。
2、下生殖道异常：主要为先天性的子宫或阴道发育畸形。子宫畸形主要为始基子宫或无子宫，没有能受激素刺激的子宫内膜组织，所以不能发生月经。阴道畸形主要为阴道横膈、阴道闭锁、无阴道，经血无法排出，表现为没有月经来潮。
3、卵巢异常：包括原发性或先天性的卵巢发育不全。由于卵巢功能低下，不能分泌雌激素，子宫内膜也就不会发生周期性变化，进而导致原发性闭经。
4、中枢异常：包括下丘脑和垂体异常。下丘脑合成分泌的促性腺激素释放激素，和（或）垂体合成分泌的促性腺激素下降或缺失，会导致卵巢的激素分泌减少，继而引起原发性闭经。
正常月经的形成和维持依赖于中枢的下丘脑和垂体调控激素分泌、卵巢分泌激素并排卵、子宫内膜受激素作用周期性变化、阴道排出经血等，这其中任何一个环节发生障碍都会导致闭经。原发性闭经的病变在初次月经来潮前已经存在，所以多为遗传因素或先天性发育缺陷，较难治疗。