原发性闭经最主要的危害是导致不孕。此外，还可能影响患者性生活和生长发育，并出现骨质疏松、心血管病变等远期症状。
1、不孕：原发性闭经，可能是由于排卵或激素异常导致子宫内膜没有周期性变化，也可能是子宫或阴道结构异常导致无法形成和排出经血。无论何种原因，闭经患者都会表现为没有生育能力，不能自然怀孕。
2、性生活影响：如果患者存在雌激素异常，会导致阴道干涩、阴道壁过薄，易出现性交疼痛、性交出血等不适。如果患者存在阴道闭锁、先天性无阴道、无子宫等下生殖道畸形，则根本没有办法进行正常性生活。
3、生长发育异常：部分原发性闭经由染色体异常引起，可表现出第二性征缺乏、身材矮小等发育异常，还会出现蹼颈、盾胸、鱼样嘴、肘外翻等外观特征。
4、远期影响：如果患者体内长期缺乏雌激素，会导致骨量快速丢失，出现骨质疏松，还会导致体内糖脂代谢异常，继而增加动脉硬化、冠心病等心血管疾病的发病风险。
原发性闭经的大部分危害是由体内激素水平异常引起的，早期发现并及时进行治疗，服用雌、孕激素和生长激素，能够有效地缓解症状，预防远期并发症。先天性的畸形也可通过手术矫正，使患者拥有正常性生活。尽管原发性闭经难以彻底治愈，但综合诊治能够尽可能地改善症状，提高患者的生命质量。