超雌综合征属于染色体异常疾病，目前没有根治染色体异常的方法，通常采取对症治疗，主要通过长期的雌、孕激素治疗来维持正常月经周期，并适当应用生长激素来调整身高。若存在其他症状，也可采取相应治疗。
1、雌、孕激素治疗：超雌综合征因额外的X染色体基因表达，可导致患者性发育异常，卵巢功能丧失，体内没有雌激素产生，继而表现为青春期无月经来潮、第二性征不发育等。部分患者卵巢仍存在一定功能，可表现为成年后月经紊乱、闭经等。这些情况下，患者都可以遵医嘱长期使用雌、孕激素治疗，来模拟正常情况下的激素变化，从而形成规律月经。
2、生长激素辅助治疗：医生会根据患者骨龄判断其身高的生长潜力。若身高已经定型，可以用相对正常剂量的雌激素和孕激素使其月经来潮；若患者身高仍有增长潜力，且需要再长高，则可遵医嘱使用小剂量雌激素配合生长激素刺激身高增长，使其达到正常的高度。在患者身高达到要求后，应停用生长激素，并加大雌激素的剂量，使其停止生长。
3、其他治疗：超雌综合征患者的临床表现差异巨大，有些患者可能以智力、精神障碍为主要症状就诊，医生会进行相应的教育康复训练和心理治疗。
临床上，多数超雌综合征患者并没有明显的临床症状，且可以孕育染色体核型正常的胎儿，所以患者不必过于担忧。即使表现出明显症状，经对症治疗后，部分症状可得到控制，通常不会影响患者的生活质量。