紧急避孕药的原理是通过阻断胚胎着床，来发挥避孕作用。
在同房时，如果没有采取有效的避孕措施或者采取的避孕措施失败时（比如避孕套破裂），精子可能会和卵子在输卵管相遇结合形成受精卵，并进入宫腔准备着床。着床成功的条件，需要发育协调的子宫内膜，而服用紧急避孕药后，药物中大量的孕激素成分，可刺激子宫内膜短期内迅速增厚，伴随子宫内膜发育不协调，可造成胚胎着床失败，从而实现避孕的目的。
需要注意的是，紧急避孕药只对这一次的性生活起到防护作用，不能够反复、经常使用，更不能用来做为常规的避孕方法，否则可能会干扰月经周期，导致月经紊乱。另外，紧急避孕药的避孕效果并不是百分之百的，也依然存在意外妊娠的风险，如果服用药物后出现月经推迟超过1周、早孕反应（如恶心、厌食油腻、乏力等）时，一定要及时到医院妇科进行检查。