月经没干净同房的危害，主要在于导致感染和引起子宫内膜异位症。
1、导致感染：在月经期时，子宫内膜处于脱落状态而未修复，宫颈口微微张开，如果进行性行为，容易发生上行感染，进而引起急性子宫内膜炎、输卵管炎等炎症性疾病，患者会出现下腹痛、发热、经量增多、经期延长等症状，如果炎症蔓延到盆腔且持续不愈，还可能导致盆腔粘连、不孕等严重后果。
2、引起子宫内膜异位症：在月经期时，如果进行性行为，可能刺激子宫收缩，导致经血逆流，将有活性的子宫内膜组织带到盆腔，进而引起子宫内膜异位症的发生。而当发生子宫异位症时，患者可能会出现痛经、性交痛、不孕等表现。
因此，不建议在月经没干净的时候发生性行为。除此之外，在月经期时，女性应注意个人卫生，保持外阴清洁，勤换卫生巾和内裤；注意休息，避免劳累；尽量不要进行重体力劳动，避免剧烈运动；均衡饮食，不要吃辛辣刺激以及生冷的食物等。