阴道B超检查时，患者需要先排空膀胱，并取膀胱截石位躺于检查床上，之后医生会对探头进行消毒，套上一次性橡胶套（常用避孕套），并涂上耦合剂，然后将探头放入患者阴道内，置于阴道后穹窿、前穹隆或宫颈两侧进行探查。检查时医生可能会摆动探头调整角度，或者稍向深部挤压、向外稍退，以获得满意图像。有时阴道内的操作可能引起轻微不适，但检查后不适症状常可自行缓解、消失。
但需特别提醒的是，阴道B超检查主要适用于已有性生活史的女性，但是对于无性生活史的女性，以及存在阴道炎、阴道畸形或严重阴道出血等情况的女性，应谨慎选择此检查。必要时，可在专业妇科医生的指导下，改用经腹部B超或者经直肠B超检查的方法来进行检查，以明确生殖器官及盆腔的病变情况，并获得相对满意、准确的检查结果。