女性性功能障碍的原因非常复杂，主要包括心理因素、疾病因素、药物因素等几个方面。
1、心理因素：既往痛苦或创伤性性经历，过度压力，夫妻关系不睦，担心妊娠或性传播性疾病等，可导致女性产生紧张、悲痛、憎恨、忧郁、焦虑、畏惧等不良心理，抑制女性性欲和性唤起，造成性功能障碍。
2、疾病因素：脊髓损伤或退行性病变、糖尿病性神经病变等中枢和外周神经系统疾病，子宫内膜异位症、外阴阴道炎、压力性尿失禁等妇科和泌尿系统疾病，以及高血压、心脏病等心血管疾病，均可能造成女性性功能障碍。
3、药物因素：任何能改变人精神状态、神经传导、生殖系统血流和血管舒缩功能以及性激素水平的药物（包括酒精），均可能影响女性的性功能，造成性功能障碍。
4、其他因素：随年龄增加，尤其在绝经后出现的生殖道萎缩、盆底肌肉张力降低及阴道干燥等，可影响女性生殖道的性反应，造成性功能障碍。另外，手术、放疗等可能破坏生殖器解剖结构，或引起卵巢功能损伤，也可造成女性性功能障碍。
如果女性怀疑存在性功能障碍的情况，可以首先到正规医院的妇科就诊，配合医生进行专科查体、性激素测定、阴道分泌物检查等相关检查，以明确是否由妇科疾病所引起，再根据具体情况进行相应的治疗，或转诊其他科室。