阴道囊肿可通过妇科查体、超声检查等检查出来，有时需要通过病理检查判断性质。
1、妇科查体：医生会使用窥器观察阴道壁四周的情况，检查有无突起的部分。阴道囊肿常常向阴道腔内突起，可以通过妇科查体发现。小的阴道囊肿可能观察不清，但可以触摸到囊性的肿物。
2、超声检查：阴道囊肿可以通过B超检查出来，比如通过经阴道超声、经会阴超声发现阴道壁囊肿，还可以显示囊肿的位置、大小、周围有无血流信号等。
3、病理检查：囊肿壁薄，内含清亮透明液体，在显微镜下进行观察，中肾管囊肿的囊肿壁为单层立方上皮或带纤毛的低柱状上皮，上皮外有平滑肌组织，副中肾管囊肿的囊肿内壁为柱状上皮细胞，囊内有黏液，包函囊肿的囊壁为复层鳞状上皮，囊内有角化物质。
需要注意的是，大多数阴道囊肿属于良性病变，不会引起不适症状，并不需要进行治疗，少数引起明显症状的阴道囊肿，以及有恶变风险的阴道囊肿，需要进行手术治疗。建议症状明显的患者，前往正规医院妇科就诊，由专业医生进行治疗，医生通常会选择囊肿切除术、囊肿造口术等手术方式。