阴道封闭术有危害，其主要危害为阴道功能丧失，术后无法进行性生活和生育。另外，术后还可能出现出血或感染、尿失禁、肠道或膀胱损伤等并发症。
1、阴道功能丧失：阴道封闭手术是通过手术缝合关闭全部或部分阴道，防止盆腔脏器再次脱出。术后患者的阴道通道是封闭的，无法进行正常性生活，自然也无法妊娠生产。尽管也存在改良术式能保留阴道下2/3结构进行性交，但经典术式沿用至今。
2、出血或感染：是相对常见的术后并发症，术后出血多因阴道创面缝合不紧密，术后感染多与术前未治疗阴道炎症、宫腔积脓有关。术前用药控制炎症、术中严密缝合、保留子宫者在双侧保留侧沟通道等措施，能够预防出血及感染发生。
3、尿失禁：在术中缝合阴道前后壁黏膜时，可能会牵拉尿道或膀胱颈，改变膀胱和尿道的夹角，从而导致术后发生尿失禁。可行尿道中段无张力悬吊术等手术治疗尿失禁。
4、肠道或膀胱损伤：很少发生，通常是由于老年患者阴道黏膜菲薄，手术过程中阴道壁与膀胱、直肠界限分离不清晰所致，术中发现损伤时可直接修补缝合，术后发现也应及时进行手术补救。
由于阴道封闭术会导致无法进行性生活和生育，临床上通常只适用于已绝经的老年女性患者。对于年轻、性生活活跃的女性，应根据具体病情施行曼式手术、骶棘韧带悬吊术等盆底重建手术，尽可能地恢复盆腔解剖、保留阴道功能。