粪瘘的病因包括分娩相关损伤、其他手术损伤、炎症与感染、癌症等。
1、分娩相关损伤：以前，很多孕妇会在家中分娩，这种分娩现状可能导致难产，此时，阴道内的胎儿头部可能会长时间压迫直肠，造成肠壁缺血坏死而形成瘘道，进而导致粪瘘。此外，如果助产不合适，容易引起会阴Ⅲ~Ⅳ级撕裂，这种撕裂也可能导致粪瘘。随着生活水平和医疗技术的提高，上述情况已经较为少见。现在，更常见的情况出现在会阴侧切术后，由于缝合线穿透直肠黏膜而导致粪瘘。
2、其他手术损伤：在进行肛门直肠手术、阴道手术、子宫切除术、直肠癌低前位切除术、回直肠吻合术等手术时，如果损伤直肠，可能会导致粪瘘。
3、炎症与感染：累及结肠、直肠的克罗恩病是导致粪瘘的重要原因，其他原因包括肛门直肠脓肿、前庭大腺脓肿、HIV相关感染、憩室病等。
4、癌症：直肠癌、宫颈癌、阴道癌等癌症侵犯局部组织，可能导致肠壁被穿透，也会引起粪瘘。
5、其他：放疗、粪便嵌塞及暴力性交等，也可能导致粪瘘。
粪瘘主要表现为阴道内排出粪便、气体或恶臭分泌物，还可能伴有性交困难、阴部疼痛、泌尿生殖道反复感染等。若出现上述症状，患者应及时前往正规医院妇科、肛肠外科等科室就诊，通过亚甲蓝棉塞试验、MRI（核磁共振）检查、直肠内超声等检查明确诊断，并及时接受手术治疗。