囊肿一般属于良性病变，常见的囊肿有卵巢囊肿、肝囊肿、肾囊肿、皮肤囊肿等，需根据囊肿发生部位选择合适的治疗。
常见囊肿治疗的方法有：
1，卵巢囊肿的治疗：临床上对于直径在5cm以下、没有癌变风险的卵巢囊肿可采取西药保守治疗。短效避孕药可使卵巢功能被抑制，由于排卵被抑制，从而降低了卵巢功能性囊肿如卵泡囊肿、黄体囊肿的发生，还可使原有的卵巢功能性囊肿缩小、消失，常用药物有孕烯炔雌醇片等；卵巢囊肿合并感染时，炎症可以刺激腹膜引起疼痛，此时需要抗感染治疗。因盆腔大多是厌氧菌感染，可选用抗厌氧菌的药物，常用的有甲硝唑等；确诊卵巢囊肿后，药物治疗可以起到辅助治疗的作用，需在医生指导下使用，同时还应遵医嘱定期复查，密切观察囊肿生长情况及有无恶变征象。囊肿出现进行性增大或恶变的患者，则考虑进行手术切除。
2，肝囊肿的治疗：肝囊肿是较为常见的肝脏良性病变，一般不可以通过药物治疗进行消除。未引起症状或体征的囊肿患者，临床上通常不需要治疗，建议患者尽量每年进行检查；对于引起明显症状的患者，应及时给予治疗，治疗原则为取出囊液，及时引流。可以采用囊肿穿刺引流术、囊肿去顶术、囊肿切除术以及囊肿内引流术等治疗。对于出现囊肿感染的患者，由于感染通常由细菌引起，因此可采用抗生素治疗，常用头孢曲松钠、头孢噻肟钠等。此外，可进行细菌培养和药敏试验，然后根据检查结果再选择敏感的抗生素，这样有利于尽早使炎症消退。
3，肾囊肿的治疗：肾囊肿无法用药物消除，通常药物仅作为对症治疗的手段，若发生严重症状时，大多以手术治疗为主。在检查确定囊肿合并感染情况时，可酌情使用抗生素治疗，有时可根据细菌培养和药敏试验结果，选择具有针对性的药物进行治疗。常用青霉素类、头孢菌素类和喹诺酮类等抗生素，包括阿莫西林、头孢呋辛、左氧氟沙星等。注意喹诺酮类药物不宜用于儿童及孕妇患者，必要时可多种药物联合应用。部分肾囊肿患者可能会出现高血压症状，可选择血管紧张素转换酶抑制剂进行降压，常用有卡托普利、依那普利等，同时也要注意钠盐的摄入。存在水肿时，医生可能会使用呋塞米、托拉塞米等利尿剂进行治疗。
4，皮下囊肿：对于单个较大的脓肿，可进行手术切除；如有脓肿还可进行切开引流；有时还可根据情况选择电灼、激光、冷冻等物理方法进行治疗。若合并细菌感染，可酌情应用阿莫西林、头孢呋辛等抗生素治疗；对粟丘疹样的皮损，还可适当使用维A酸乳膏进行治疗。
一般若囊肿较小，且无不适症状时，无需治疗，以观察为主，患者需遵医嘱定期复查；若发生囊肿增大，感染等异常情况时，医生会根据病情制定合适的治疗方案。
一般来讲，治疗效果好坏、患者恢复速度、治疗周期长短，受体质、病情、干预措施等多种因素影响，故不存在所谓的“吃哪种药效果最好、好的最快”，建议患者积极咨询医生，在医生指导下确定最适合自己的方案，进行规范治疗，以期获得最佳的治疗效果，并最大限度的避免各种不良情况的发生。