睾丸微石症的病因目前尚不明确，可能与感染、损伤、异物、自身免疫反应等因素有关。
通常认为，由于男性不育症、睾丸萎缩、睾丸发育不良、睾丸肿瘤、睾丸囊肿、附睾或精索囊肿、睾丸炎、睾丸扭转、睾丸鞘膜积液、精索静脉曲张等原因，可能会引起睾丸生精小管出现狭窄或梗阻，从而导致精子细胞、脱落的上皮细胞、病原体等物质在管腔内异常沉积、钙化，进而形成睾丸微石症。
此外，肥胖、高血脂症、自身免疫异常及某些遗传性疾病也可能会导致睾丸微石症的发生。
值得注意的是，睾丸微石症是一种良性病变，通常不会引起明显不适症状，但常可与多种男性疾病相伴随出现。因此，建议发现睾丸微石症的男性，应遵医嘱定期到正规医院的泌尿外科、男科复查，以确保其没有发生其他病变。同时，在日常生活中养生良好的生活习惯、保持局部清洁卫生，有利于避免其他疾病的侵袭影响。