霉菌性龟头炎的治疗主要是药物治疗，包括外用药物和口服药物。
1、外用药物治疗：外用抗真菌药物，比如克霉唑乳膏、咪康唑软膏等，可用于治疗症状轻微的患者。
2、口服药物治疗：口服抗真菌药物，比如伊曲康唑胶囊、氟康唑胶囊等，主要用于治疗症状较为明显的患者，并可联合外用抗真菌药物，以提高疗效。
除此之外，患者在治疗期间应注意个人卫生，保持龟头清洁，每天使用干净的温水进行清洗；清淡饮食，避免食用辛辣刺激以及油腻的食物；避免性行为，且性伴侣应一同治疗。
如果怀疑存在霉菌性龟头炎，应及时到正规医院的泌尿外科或皮肤科就诊，在医生的指导下规范治疗。这是因为，虽然霉菌性龟头炎通常不会对男性生殖系统造成长期影响，但如果不及时治疗，症状可能会加重，并引起尿道口狭窄、包皮嵌顿等并发症。另外，切勿自行随意用药，以免造成不良后果。