霉菌性龟头炎一般不能自愈，少数情况下有可能自愈。
霉菌性龟头炎是男性生殖器的一种常见病，由真菌感染引起，多好发于20~50岁的青壮年。当青壮年皮脂腺分泌旺盛，外阴潮湿，加之清洁不够时，就可能导致霉菌性龟头炎的发生。另外，性传播感染、使用污染的洗浴工具、过多使用肥皂水清洗包皮和龟头、长期使用抗生素或免疫抑制剂等，也可能导致霉菌性龟头炎。
通常来说，绝大多数霉菌性龟头炎比较难自愈。这主要是因为，局部的解剖结构决定了外生殖器是潮湿、闷热、容易封闭的环境，一旦感染真菌，会形成比较好的真菌繁殖环境，需要积极进行抗真菌治疗才能治愈。但是，如果青壮年男性的病情比较轻微，身体机能好，并具有良好的个人卫生习惯，也是有可能自愈的。
需要提醒的是，霉菌性龟头炎如果不及时治疗，症状可能会加重，并引起尿道口狭窄、包皮嵌顿等并发症。因此，如果怀疑存在霉菌性龟头炎，不建议寄希望于自愈，而应及时到正规医院的泌尿外科或男科就诊，在医生的指导下进行规范治疗。