阴茎畸形主要通过手术矫正，根据不同病因，采取不同的手术方式，常见的病因包括尿道下裂、包皮系带过短、先天性白膜发育异常、阴茎硬结症等。
1、尿道下裂：严重的尿道下裂会导致阴茎畸形，可通过分期手术矫正。一期手术重建尿道并将尿道口移动到阴茎顶端附近，二期手术重建阴茎海绵体和韧带组织，可切断纤维条索让阴茎伸直，并调整阴茎长度和形态等。
2、包皮系带过短：包皮系带是在阴茎下面正中一条连接阴茎头与阴茎体的细小皮褶，主要作用是固定勃起的阴茎，不使阴茎头过度上翘或偏向两侧。如果包皮系带过短，会造成阴茎弯曲，阴茎头下垂。这种情况可进行系带成形术，部分切除后通过特殊的缝合方法让系带重新成形，不仅能改善系带过短，还能预防系带断裂发生。
3、先天性白膜发育异常：白膜是包裹在海绵体表面的纤维组织膜，正常的白膜可以限制海绵体的侧向生长，使阴茎保持直立状态。如果白膜发育异常，海绵体就会出现侧弯。这种情况可进行白膜折叠术，在阴茎海绵体顶部做一切口，在切口处将白膜向内折叠，从而缩短海绵体一侧， 减轻或消除阴茎弯曲。
4、阴茎硬结症：本病表现为阴茎海绵体和韧带组织的纤维化和硬化，导致阴茎勃起时出现异常的弯曲、扭曲或结节状变形。如果阴茎弯曲不超过60度，可进行白膜折叠术矫正弯曲，不需要处理硬结。如果阴茎弯曲超过60度，可先切除阴茎硬结，再修补白膜或进行假体植入手术，在矫正弯曲的同时还可以改善性功能。
总之，针对不同的阴茎畸形原因，有着不同的手术矫正方法。除手术治疗外，患者也可根据医生建议接受药物治疗、物理治疗等辅助治疗。另外，患者还应关注自身心理状况，阴茎畸形往往会造成自卑、抑郁等心理问题，患者应适时接受心理治疗。