复方手参丸主要含手参、西藏棱子芹、黄精、喜马拉雅紫茉莉、天冬、冬虫夏草、锁阳、蒺藜、诃子等。其中手参与藜芦属于中药“十八反”的合用禁忌范畴，患者应避免将本品与含有藜芦的中成药合用，如三七血伤宁胶囊、神州跌打丸等。另外，本品中诃子性质涩滞收敛，含有较多的鞣质，不宜与硫酸亚铁、氢氧化铝等含金属离子制剂、生物碱类（如大黄、黄连、黄柏、马钱子等）、抗生素类（如红霉素、四环素等）、维生素B1等药物合用。
复方手参丸与其他药物合用也可能会发生药物相互作用，因此服药期间请患者不要自行合用其他药物，如必须合用，请先咨询医生。