传染性软疣可以通过药物治疗、物理治疗、手术治疗等方法根治。
1、药物治疗：患者可在医生指导下使用水杨酸软膏、斑蝥素乳膏、维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等药物进行治疗，通常能够有效清除疣体。
2、物理治疗：冷冻、激光、电灼等物理方法也可以根治传染性软疣。其中，冷冻疗法是利用液氮将疣体冻结，如果一次治疗不成功，还可在间隔数周之后进行第二次治疗，从而达到根除效果，而激光和电灼能够通过高温灼烧疣体，从而将其完全除去。
3、手术治疗：对于较大的疣体，可通过外科手术切除，而对于较小的疣体，可通过夹除术或刮除术将其去除。
提醒患者的是，以上治疗均须在皮肤科医生指导下进行或由专业医生操作，不可自行处理，以免造成不良后果。此外，传染性软疣在得到根治后，仍有复发的可能，因此，仍需注意保持个人卫生、杜绝不洁性行为、增强机体免疫力等，以免疾病复发。