真菌性皮肤病的治疗主要是抗真菌治疗，需根据病情轻重选择具体治疗措施，包括外用药物、系统药物、手术及物理治疗等。
1、外用药物：如果病情较轻，皮损局限，可仅使用外用药物治疗即可，常用药物为硝酸咪康唑乳膏、盐酸特比萘芬凝胶、酮康唑洗剂等，根据病变部位和具体症状，选择霜剂、凝胶、乳膏、洗剂等不同剂型。比如头癣可使用酮康唑洗剂洗头，足癣水疱较多时应选择刺激性小的霜剂。
2、系统药物：如果皮损泛发、病情严重或外用药疗效不佳，患者应在外用药基础上配合口服的抗真菌药物以增加疗效，常用药物为伊曲康唑胶囊、盐酸特比萘芬片等。
3、手术：少数的严重皮损，可考虑采取手术治疗，比如出现全甲毁损的甲真菌病，可手术拔除病甲，大面积的着色芽生菌病，可切除皮损后植皮。但由于手术只能去除皮损，不能从根本上清除致病菌，且容易遗留瘢痕，很少作为常规治疗手段使用。
4、物理治疗：部分情况下，可通过二氧化碳激光、电灼、冷冻等物理治疗来切除小面积皮损，或减轻皮损症状。和手术一样，物理治疗仅作为辅助治疗，仍需联合药物治疗彻底清除致病真菌。
需注意，由于部分真菌性皮肤病存在一定的传染性，所以治疗时需要做好消毒隔离工作。真菌感染的病情往往较为顽固，需要长期用药治疗，治疗期间需定期复查，以便让医生了解病情变化，及时调整治疗方案，并预防部分药物的毒副作用。