真菌镜检的准确性较高，但不能达到100%的准确率。
真菌镜检通过在显微镜下观察皮损处样本是否存在菌丝、孢子等结构，能够简便快速地初步诊断或排除真菌感染。随着制片和染色技术的发展，直接镜检的检出率逐渐提高，已作为临床上的常规检查广泛应用于真菌性皮肤病的初步诊治。
但真菌镜检的准确率不是100%，样本的质量、涂片的厚度、染色方法、检查者自身的技术经验，都会影响检查结果。一般认为真菌镜检的阳性结果可以说明存在真菌感染，但阴性结果不能完全排除真菌感染。而且，真菌镜检仅能判断感染是否存在，不能准确鉴别不同种类的真菌，也不能评估真菌感染的轻重程度，存在一定的局限性。
综上，真菌镜检是临床上常用的检查方法，准确性较高，但不能单纯依靠真菌镜检结果判断真菌感染情况，需与真菌培养等其他检查结果及临床实际症状表现相结合，综合分析，才能准确地诊断病情，并采取合适的治疗措施。
