遗传性对称性色素异常症目前还没有很好的预防措施，只能通过遗传学检测等方式避免将疾病遗传给下一代。
遗传性对称性色素异常症主要由基因突变引起，致病基因位于1号染色体长臂1q11-q21之间的区域。目前还没有办法彻底避免这种基因突变发生，只能通过遗传学检测判断胎儿是否具有相应的突变基因，然后进行相应的处理。做好婚前检查、基因筛查，避免近亲结婚等措施，可以降低本病的发生几率。
需要注意的是，遗传性对称性色素异常症主要表现为对称分布的色素沉着斑或色素减退斑，只会影响外观，不会影响皮肤或脏器功能，即使发生本病，也不会对日常学习、生活、寿命产生影响，无需过分担心。
提醒患者的是，本病的皮损可在日光照射下加重，患者应做好日常防晒措施，避免在日光强烈时长时间待在户外，外出时可以通过打遮阳伞、戴遮阳帽等方式避免阳光直射，还可以涂抹具有足够防晒指数（SPF）的防晒霜，以避免色素沉着加重。