红花清肝十三味丸具有清肝热、除“亚玛”病、解毒的功效，可用于治疗肝功衰退、配毒症（指药物、酒精等引起的肝中毒症状）、“亚玛”病、腰肾损伤、尿频、尿血，尤其对血热引起的眼病有效。以下为本品的合用禁忌：
1、本品含丁香，与郁金属于中药“十九畏”的合用禁忌范畴，不宜与郁金及其制剂合用，如和络舒肝片、解郁丸等，以免影响丁香的药效。
2、本品含人工牛黄，若与强心苷类药品合用，如地高辛、洋地黄类等，可能会增强强心苷类药品的毒副作用，对身体不利；若与红霉素、罗红霉素等大环内酯类抗菌药合用，会形成难溶性络合物而影响药物吸收。与中枢抑制剂如安定、氨氮平等合用，可能增强中枢抑制作用，对身体产生不良反应。