化毒丹具有清热解毒的功效，可用于治疗小儿热毒实火、口舌生疮、牙根出血、颈颊赤肿、周身常生疮疖、疹后余毒不净。以下为本品的合用禁忌：
1、本品中玄参、赤芍与藜芦属于中药“十八反”的合用禁忌范畴，患者应避免将本品与藜芦或含有藜芦的中成药合用，如三七血伤宁胶囊、神州跌打丸等。
2、本品含甘草，不宜与含海藻、大戟、甘遂、芫花的中药制剂合用，如内消瘰疬丸（含海藻）、祛痰止咳颗粒（含甘遂、芫花）、舟车丸（含大戟、甘遂、芫花）等。因为本品与以上药物合用，属于中药“十八反”的配伍禁忌（藻戟遂芫俱战草），可能会发生毒性反应或副作用。
3、本品中金银花、连翘等药物有一定的抗菌作用，因此不建议患者合用活菌制剂如乳酸菌片等。
4、本品中芒硝与三棱、硫磺属于中药上的“十九畏”的合用禁忌范畴，患者应避免与三棱、硫磺及其制剂合用，如沉香化滞丸、参茸黑锡丸等。