化毒丹为处方药，患儿需要在医生的指导下服用。由于每个人病情程度、体质等情况不同，用药方案也会有所差异，请患者严格按照医嘱规定的用法用量使用本品。
本品常见剂型为大蜜丸，由于颗粒较大，患儿的咀嚼能力较弱，在给孩子服用时可掰成小粒用温开水送服。本品药性偏寒凉，容易损伤脾阳，患儿不可长期、久服，尤其是发疹后出现泻痢的患儿应忌服。本品对用药时机没有特别要求，饭前饭后服用均可。
用药期间，患儿应调整饮食习惯，保持清淡饮食，忌食辛辣刺激性食物，以免影响药物吸收或加重病情。平时应让患儿多喝水，吃一些新鲜的蔬菜、水果，保持大便通畅，有利于排出热毒，促进病情恢复。患病期间还要注意休息，避免吹风受凉。