注射用头孢曲松钠适用于对本品敏感的致病菌引起的呼吸道感染（尤其是肺炎）、耳鼻喉感染（如急性中耳炎）、泌尿系统感染、败血症、脑膜炎（如播散性莱姆病早、晚期）、骨和关节感染、皮肤软组织感染、腹腔感染（腹膜炎、胆道及胃肠道感染）、生殖系统感染包括淋病，也可用于术前预防感染。以下为本品的一些禁忌：
一、禁忌人群：
1、对头孢菌素过敏的患者患者禁用本品。对青霉素过敏的患者使用本品可能存在交叉过敏现象，应慎用本品。过敏体质者慎用本品。
2、妊娠及哺乳期妇女应在确实必要时才可在医生指导下使用本品。
3、头孢曲松可将胆红素从血清白蛋白上置换下来。患有高胆红素血症的新生儿（尤其是早产儿）可能发展成核黄疽，应慎用或避免使用本品。
二、禁忌事项：
1、本品不宜长期使用，长期使用本品会使不敏感菌过度生长，可致二重感染如念珠菌病、阴道炎。患者不可自行延长用药时间。
2、即使患者可能之前使用过本类药物，但仍有发生过敏性休克的可能，一旦出现过敏性休克，应立即告知医生并给予肾上腺素或采用其他紧急措施急救，以免出现生命危险。
3、维生素K缺乏者使用本品可能会导致凝血酶原时间延长，应当监测凝血酶原时间，必要时适当补充维生素K。
4、本品不能加入哈特曼氏以及林格氏等含有钙的溶液中使用。据文献报道，本品与氨苯喋啶、万古霉素、氟康唑以及氨基糖苷类抗菌素具有不相溶性。不能混合使用。本品配伍禁忌较多，因此应单独给药。
5、本品属β-内酰胺类抗生素，应临用前配制。