巴洛沙星胶囊用于治疗由葡萄球菌属（包括耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MRSA）、链球菌属、肠球菌属、摩根菌属、大肠埃希氏菌、普罗威登氏菌属、柠檬酸杆菌属、克雷伯菌属、肠杆菌属、沙雷氏菌属、变形杆菌属、假单孢菌属、消化链球菌属等敏感菌引起的单纯性尿路感染，如膀胱炎、尿道炎等。
巴洛沙星为氟喹诺酮类抗菌药，其抗菌作用来自于干扰细菌DNA合成所必须的DNA螺旋酶。本品不仅对革兰氏阴性菌有效，对革兰氏阳性菌包括MRSA、肺炎链球菌也有很强的抗菌活性，尤其对临床上难治的由脆弱杆菌（B.fragilis），寻常型牛皮癣（P.vulgaris），难辨梭状芽孢杆菌（C.difficile），消化链球菌（Peptostretococcus）等细菌引起的感染有更强的治疗效果。