小檗碱甲氧苄啶胶囊为抗感染类药，用于敏感菌所致的胃肠炎、细菌性痢疾等肠道感染。以下为本品的一些合用禁忌：
一、影响用药有效性：利血平同时使用可使本品中甲氧苄啶消除增加和血浆半衰期缩短，从而降低本品的疗效，患者应该避免合用。
二、影响用药安全性：
1、将本品与氨苯砜同用，二者的血药浓度均增高，使不良反应的发生率增高，患者应该避免合用。
2、本品与抗肿瘤药物、2，4-二氨基嘧啶类药物同时使用，会有产生骨髓再生不良或巨幼红细胞贫血的可能，因此患者要避免将本品与这些药物合用。
3、本品与环孢菌素同用可能增加肾毒性，患者要避免合用。
4、本品会干扰苯妥英的肝内代谢，增加苯妥英半衰期，减低其清除率，增加不良反应的发生几率。
5、同时使用普鲁卡因胺和本品可减少肾清除，增加普鲁卡因胺代谢物的血药浓度。所以患者要避免合用，以免使得不良反应的发生风险增加。
6、本品会抑制华法林的代谢，而增强其抗凝血作用，增加不良反应的发生几率，患者要谨慎合用。
小檗碱甲氧苄啶胶囊与其他药物也可能发生药物相互作用，影响药效或出现药物毒副作用，因此为保证用药安全，使用本品期间若需要合用其他药物，请先咨询医生。还有，用药期间出现任何严重、持续或进展性的症状，应及时就医。