病毒性结膜炎难以根治。
病毒性结膜炎是一种常见的结膜组织炎症性疾病，可由腺病毒（包括3、4、7、8型等）、肠道病毒（包括70型等）、单纯疱疹病毒等多种病毒感染所引起。虽然本病通常具有自限性，也就是说不需要特殊治疗也可能自行好转；局部应用抗病毒滴眼剂也可抑制病毒复制，最终将病毒清除掉，实现临床治愈。但是，由于机体无法对相关病毒产生永久性免疫，而且引起本病的病毒较多，所以之后仍可能再次感染病毒，导致疾病复发。
因此，患者在痊愈后，应注意养成良好的洗手习惯，尤其在触摸眼睛前务必确保双手已清洁；避免用手直接触摸眼睛；避免与他人共用眼药水、眼镜、毛巾等物品；避免与病毒性结膜炎患者密切接触等，从而在一定程度上降低本病再次发生的风险。
需要提醒的是，日常生活中还应避免长期熬夜、用眼过度、眼部疲乏等，适当增加体育锻炼等，以提高局部或机体免疫力，从而帮助预防病毒性结膜炎的再次发生。