无痛肠镜和普通肠镜的区别在于检查时被检查者的意识状态是否清醒。普通肠镜在患者清醒的状态下进行，无痛肠镜在全麻下进行，患者意识消失。
1、普通肠镜：是在患者清醒状态下直接进行的肠镜检查。优点是进行检查时医生可以和患者沟通，比如交流做肠镜的目的，发现肠道病变时及时追问病史等。普通肠镜的肠穿孔等并发症发生率较低，且检查费用也较低。缺点是在检查过程中由于肠道迂曲，镜身在肠道内部拐弯时会刺激肠壁引起腹痛，如果患者难以耐受，则可能导致检查失败。
2、无痛肠镜：会静脉注射麻醉药物，使患者意识消失，处于全麻状态后再行检查。优点是患者无不适感，保证了检查顺利进行。缺点是缺乏患者反馈，可能因操作不当而发生肠穿孔。由于需要接受全麻，对于心肺功能较差的患者，具有较高的麻醉风险，且检查费用较高。
普通肠镜和无痛肠镜是肠镜检查的不同方式，各有优缺点，临床上会根据患者病情需要及个人意向来选择检查方式。不能认为无痛肠镜可以取代普通肠镜，也不能因为无痛肠镜存在一定的并发症而不去选用无痛肠镜。