无痛肠镜检查的风险包括麻醉引起的过敏、心脑血管意外、肝肾功能损害，以及检查本身引起的肠道出血、肠穿孔等。
1、麻醉剂过敏：若患者对麻醉药物过敏，可能出现皮疹、发热等不适，严重者还可出现呼吸困难，甚至过敏性休克，危及生命。一旦出现过敏迹象，应立刻中止检查，重症者需注射肾上腺素、糖皮质激素等药物抢救。
2、心脑血管意外：麻醉后患者会出现血压下降、心率减慢、呼吸减慢等变化，正常人多可代偿、耐受，但存在严重心肺功能障碍患者可能无法耐受，容易诱发心肌缺血、心梗、脑梗、脑供血不足等。
3、肝肾功能损害：麻醉药物主要通过肝脏、肾脏代谢。若患者肝肾功能不佳，麻醉可能会加重肝肾损害。
4、肠道出血：接受肠镜检查的患者可能本就存在肠道黏膜充血、糜烂等病变，肠镜通过肠道时会不可避免地摩擦肠壁，可能造成黏膜破损，出血。通常出血较轻微，可表现为检查后的少量便血。如果出血量较大或持续存在，则需要及时就医采取进一步治疗。
5、肠穿孔：由于无痛肠镜检查过程中患者无意识，医生不能根据患者的反馈及时发现异常，且肠道迂曲，肠镜走行时容易因操作不当将肠壁顶穿。在镜下进行活检或息肉摘除时夹取组织过深，也可导致肠穿孔。这是较为严重的并发症，需要中止检查，进行手术修补。
为提高检查安全性，患者在接受无痛肠镜检查前，要进行麻醉评估，并完善相关检查，让医生明确患者情况，了解是否存在无痛肠镜检查的禁忌证。检查后若有持续出血、严重腹痛等不适症状，需立即告知医生，及时进行救治。