高位肛瘘的原因与普通肛瘘相似，主要由直肠周围脓肿引起，外伤及其他肠道病变也可引起高位肛瘘。
1、直肠周围脓肿：95%以上的高位肛瘘都由直肠周围脓肿引起。肛腺感染后沿着括约肌向直肠壁周围扩散，在骨盆直肠间隙或直肠后间隙形成脓肿，脓肿破溃后，则可形成高位肛瘘。由于外口生长较快，常出现外口皮肤自行愈合，脓肿再次破溃形成新的瘘管和外口的情况，最终导致出现多个瘘口和瘘管，形成高位复杂性肛瘘。
2、外伤：肛门异物可损伤肠壁，直接形成高位肛瘘，或引起感染，继而破溃形成高位肛瘘。若进行肠道手术，术后伤口感染或瘢痕形成，也可引发高位肛瘘。
3、其他肠道病变：溃疡性结肠炎、克罗恩病等炎症性肠病可导致肠道穿孔，继而形成高位肛瘘。另外，结直肠癌症晚期，癌组织穿破直肠壁，向肛门周围破溃，也可形成高位肛瘘。
综上，直肠周围脓肿是最主要的病因，因此，维持肛周卫生，预防发生感染，及时治疗肛周炎等疾病能早期预防高位肛瘘发生。
