肛乳头瘤较小时，一般无明显症状，常在体检或肛门检查时发现。随着乳头瘤的增大，可能出现肛门异物感、瘙痒等不适感，肛门肿物脱出和迁延性肛裂等症状。
1、肛门异物感：由于肛乳头瘤的存在，患者可能有肛门异物感，自觉肛门或直肠内有肿块或突起，排便后自觉肛门里面还有异物存在，产生排便不尽感。
2、肛门瘙痒：肛乳头瘤脱出可刺激肛周皮肤，使分泌物增加，患者有时可出现肛门瘙痒、潮湿感。
3、肛门肿物脱出：较大的肛乳头瘤可在排便时脱出肛门外，一开始可以自行还纳，后来需要手托还纳。若病情较重，频繁脱出，可能无法还纳。
4、迁延性肛裂：较大的肛乳头瘤频繁脱出，会牵拉肛周皮肤，引起迁延性肛裂。患者会感到肛门的剧烈疼痛，排便时发现肛门出血，通常为鲜红色血液，可能会附在纸巾或粪便上。
需注意，肛乳头瘤的症状没有特异性，痔疮、肛裂等病变也能引起类似症状。所以，有上述症状的患者应及时就诊，配合进行直肠指检、肛门镜等检查以明确诊断，并采取相应的治疗处理。