肛乳头瘤必须要手术治疗。一方面，保守治疗的效果并不理想，另一方面，肛乳头瘤随病情进展，可能发生严重的并发症。
1、保守治疗效果不佳：肛乳头瘤是肛乳头的纤维结缔组织受慢性炎症、局部损伤等刺激而不断增生形成的。保守治疗通常仅能缓解肛门瘙痒、疼痛等症状，不能去除瘤体。而只要瘤体存在，就可能不断增生，最终从肛门脱出，严重影响患者的日常生活。保守治疗不能阻止病情发展，只能作为辅助治疗使用。
2、发生并发症：肛乳头瘤若不积极治疗，反复脱出会刺激肛周组织，发生肛周炎症。炎症恶化形成脓肿，若发生于肛管黏膜下，破溃后可形成肛裂，若发生直肠肛管周围，破溃后会形成肛瘘。肛裂、肛瘘等并发症会影响患者的正常排便，严重时难以保留肛门正常功能。
综上，由于肛乳头瘤一旦发生，往往会经历由小变大，并逐步脱出的过程，保守治疗的效果不理想。若不进行治疗，肛乳头瘤又可能发生严重的并发症。所以，一旦诊断为肛乳头瘤，建议尽快手术治疗，通常没有保守治疗的价值。