多数肛乳头肥大需要做手术，部分轻症患者可不做手术，先进行保守治疗。
1、轻症：对于症状不严重，体积较小的肛乳头肥大，或者身体条件不适宜进行手术的患者，可以先采取保守治疗。患者可遵医嘱应用有止痛消炎作用的肛门栓剂、药膏，或口服抗生素，来缓解局部炎症，减轻肛门症状。但保守治疗不能去除肥大的肛乳头，所以患者需要监测病情变化，一旦症状加重，需要及时就诊，调整治疗措施。
2、重症：对于存在肛门瘙痒、疼痛等慢性症状，反复脱出或体积较大的肛乳头，应及时手术治疗。一般采取电刀、激光或手术刀直接切除肥大的肛乳头。有时也可采取结扎术，用丝线或特殊的弹性圈结扎肛乳头基部，使其缺血坏死后自然脱落。手术后可能需要继续进行保守治疗以预防复发，促进恢复。
肛乳头肥大是一种常见的良性增生性疾病，轻症患者可采取保守治疗以缓解症状，重症患者只有通过手术切除或结扎，才能去除病变，彻底治疗肛乳头肥大。术后切除的组织，需要送病理检查，明确病理性质，并据此调整后续治疗。