肛乳头肥大手术，常用的有切除术和结扎术两种。
1、切除术：可使用手术刀、高频电刀等工具，在肥大的肛乳头基底部直接切除整个肛乳头。切除术是最常用的手术方式，操作简单。使用手术刀的传统切除术造成的出血较多，而使用电刀的电切术相较而言出血更少，术后疼痛更轻。
2、结扎术：部分患者可采取结扎术，在肛乳头基底部使用特殊的套圈或丝线结扎，阻断血流后使其缺血坏死，自然脱落。肛乳头蒂部较小者，用丝线直接结扎，蒂部较大的乳头瘤，基底部需进行贯穿缝扎。结扎术的出血少、疼痛也相对较轻，但可能需要多次治疗。
3、其他手术：除上述的常用手术外，使用激光、高频电灼，将肥大的肛乳头烧灼碳化，通过冷冻技术使肛乳头坏死脱落，或使用特殊的微波设备来去除肥大的肛乳头等新兴手术方式，也可以治疗肛乳头肥大。
肛乳头肥大主要通过手术治疗，是常规的门诊小手术，安全性较高，患者不必过于担心。不同手术方式有不同的优缺点和适应人群，患者应在医生建议下确定合适的手术方式。