肛乳头肥大手术通常在麻醉下进行，手术过程中患者不会感到痛苦，术后伤口愈合时可能会产生疼痛，患者可遵医嘱应用止痛药物缓解。
1、术中：由于肛门黏膜对疼痛敏感，为保证手术的顺利进行，医生会在术前进行麻醉。通常采取局部麻醉即可，注射麻醉剂时可能有轻微疼痛不适，在药物起效后患者不会感到疼痛。由于麻醉范围，术后恢复较快。若肛乳头肥大病情严重，或合并有肛裂、肛瘘等其他病变，医生可能会进行全身麻醉，患者在手术过程中无痛觉、无意识，但需要较久的术后恢复时间。
2、术后：术后疼痛程度因个人差异而异，部分患者可能会感到轻微的不适，部分患者可能会有较明显的疼痛感。术后疼痛通常是暂时性的，随着伤口愈合，疼痛会逐渐减轻。若疼痛症状明显，患者难以耐受，医生可适度使用止痛药物来帮助患者缓解疼痛。肛乳头肥大手术很快就能恢复，所以整体痛苦程度也较轻。
总的来说，作为肛肠科常见的小手术，肛乳头肥大手术的术中损伤和痛苦都较少，术后恢复也较快，患者不必过于紧张。术后康复过程中若出现持续存在或不断加重的疼痛，应及时就诊。