肛乳头肥大手术是肛肠科的一种小型手术，常在麻醉下进行，术中一般不会引起明显疼痛，术后可能存在一定疼痛，具体情况因手术方法和个人耐受程度的不同而有所差异。
1、术中疼痛：由于肛周黏膜神经丰富，对痛觉较为敏感，医生通常会使用局部麻醉或者轻度全身麻醉来控制疼痛，帮助手术顺利进行。整个手术过程中，患者通常不会感到任何疼痛，若实行局部麻醉，可能会在注入麻药时感到轻微的疼痛不适。
2、术后疼痛：术后麻醉药物的药效逐渐消失，在伤口愈合过程中，患者会感到疼痛。一般来说，结扎术的疼痛程度较轻，使用电刀、激光进行的切除术因术中出血、损伤较小，术后疼痛也较轻，而使用手术刀进行传统切除术可能导致较严重的疼痛。随着伤口愈合，疼痛会逐渐减轻。
综上，肛乳头肥大手术在手术过程中不会有明显疼痛，术后可能出现一定程度的疼痛。如果患者难以耐受，可告知医生，医生会根据患者具体情况开具一定的止疼药物来缓解症状，所以患者不必过于担忧，应加强与医生的沟通，配合手术进行。